Trước Cách mạng Tháng Tám 1945, vùng đất này thuộc Tổng Xuân Phú, một tổng lớn của huyện Quế Sơn với tổng cộng 22 làng.

Sau Cách mạng Tháng Tám, khoảng tháng 3 năm 1946, Tổng Xuân Phú (trừ làng Cẩm Sơn được giao về cho Duy Xuyên) số làng còn lại được chia thành 6 xã, với tên gọi mới là Dưỡng Xuân, Xuân Trà, Phú Mỹ, Tam Hiệp, Liên Hoan và Tân Phú. Đến tháng 3 năm 1949, 6 xã ấy hợp thành một xã lớn mang tên Quế Xuân.
Trong thời kỳ kháng chiến chống Mỹ (1954 - 1975), ngụy quyền chia Quế Xuân thành 5 xã nhỏ là Phú Thạnh, Phú Diên, Phú Phong, Phú Hương và Phú Hiệp.
Sau đại thắng Mùa Xuân 1975, để phù hợp với tình hình và nhiệm vụ mới, ta đổi tên xã Phú Hương thành Quế Thanh, Phú Phong thành Quế Ngọc. Cuối  năm 1975, nhập hai xã Quế Thanh và Quế Ngọc lại thành Quế Thanh. Đến đầu năm 1977, đổi tên Quế Thanh thành Quế Phú.
Như vậy,  xã Quế Phú, được hình thành từ 2 xã Phú Hương và Phú Phong thời chống Mỹ, gồm 8 làng của Tổng Xuân Phú xưa là Hương Yên, Đồng Tràm, Trà Đình, Hương Quế, Hương An, Hương Lộc, Mông Nghệ và Phương Trì. Cách tỉnh lỵ Tam Kỳ 32 km về hướng Bắc, cách thành phố Đà Nẵng 35 km về hướng Nam. Phía Đông xã là cả một bãi cát rộng tiếp giáp với các xã Bình Giang, Bình Phục, huyện Thăng Bình. Phía Tây giáp với xã Quế Xuân. Phía Nam giáp với xã Quế Cường. Phía Bắc giáp xã Duy Thành huyện Duy Xuyên. Diện tích tự nhiên 28,30 kilômét vuông, trong đó đất nông lâm chiếm 55%, còn lại là đất xây dựng và đất cát bạc màu. Toàn xã hiện có 15.600 nhân khẩu (năm 2001) Đến tháng 01 năm 2008, tách 7 thôn gồm: Thôn 1A, 1B (Hương Yên), thôn 2A, 2B (Đồng Tràm), thôn 6 (Hương Lộc), thôn 7 và thôn Thương Nghiệp (Hương An) cùng với 1 thôn (thôn 5) xã Quế Cường để thành lập xã Hương An.